Formy ochrony przyrody

Na terenie Parku istnieje sześć rezerwatów przyrody. Największym z nich jest rezerwat leśno-historyczny „Lasy Janowskie” (2676,87 ha). Obejmuje on fragment Lasów Janowskich z borami sosnowymi, naturalnie odnawiającymi się jedlinami, pięknymi olsami i lasami mieszanymi. Rezerwat przecina malownicza dolina meandrującej Branwi, nad którą wznosi się wydłużona zalesiona wydma, zwana Porytowym Wzgórzem, miejsce historycznej bitwy partyzanckiej w czerwcu 1944 r. Rezerwatami leśnymi są „Jastkowice” (45,68 ha), chroniący cenny zespół wielogatunkowego lasu mieszanego o charakterze naturalnym, ze starodrzewem w wieku 150-200 lat, „Szklarnia” (278,32 ha), chroniący różnorodne zbiorowiska leśne i bory jodłowe o naturalnym charakterze oraz „Łęka” (377,35 ha) w zachodniej części Lasów Janowskich, który chroni wielogatunkowe drzewostany o cechach naturalnych z naturalnie odnawiającym się jesionem. Rezerwat torfowiskowy „Kacze Błota” (168,87 ha) obejmuje śródleśne torfowiska wysokie i przejściowe porośnięte borem bagiennym oraz otaczające je wydmy. Rezerwat wodno-torfowiskowy „Imielty Ług” (737,79 ha) chroni jedno z większych w Parku torfowisk wysokich, porośnięte karłowatą sosną, wypełniające dużą międzywydmową nieckę, której część stanowią stawy, będące ostoją ptactwa wodnego. W sferze projektów pozostaje objęcie ochroną Bagna Rakowskiego - rozległego torfowiska we wschodniej części Parku. Ponadto na terenie Parku i jego otuliny znajduje się ponad 100 pomników przyrody, którymi są głównie sędziwe drzewa i kilka źródlisk. W granicach Parku Krajobrazowego Lasy Janowskie znajdują się obszary sieci Natura 2000: OSOP „Lasy Janowskie” i SOOS „Uroczyska Lasów Janowskich”. Z parkiem niemal w całości pokrywa się Leśny Kompleks Promocyjny Lasy Janowskie.

W pobliżu jednej z puszczańskich wsi Szklarnia utworzono ostoję konika biłgorajskiego. Koniki, będące potomkami tarpanów, wzorem swoich przodków przez cały rok przebywają na odkrytym terenie, a dokarmiane są wyłącznie w okresie zimowym. Kilka wydzielonych ze stada koni przeznaczono do celów rekreacyjnych. Ich łagodny temperament, niewielki wzrost oraz przyjazny stosunek do ludzi sprawia, że można je wykorzystać w ramach hipoterapii.